وعرف أيضاً باسم جامع البحر وجامع العمري كان يقع في سوق الخضار القديم، والأرجح أن هذا الجامع كان من قبل كنيسة ولما تحولت هذه الكنيسة إلى جامع في أوائل أيام المماليك أطلق الناس عليها إسم جامع التوبة، وكانت العادة إطلاق هذا الإسم على الكنائس التي تحوّل إلى جوامع بمعنى عودتها إلى الإيمان بعد الكفر فيكون ذلك بمثابة توبتها عما كانت فيه من الإثم.
كانت توجد فوق قنطرة العقد الشمالي للجامع، المُطلّة على سوق الخضار نقيشة كتبت عليها الكلمات التالية:
(أنشأ محمد باشا خيرات لها عدد، من جملة الخيرات هذا السوق في هذا البلد، وجعله للحين وقفاً للواحد الفرد الصمد على مصالح الجامع العمري للأبد، وأجرى به هذا السبيل يسقي من ورد، على مسجد التوبة وأباحة لمن ركع وسجد، راجي من الله الثواب في هذه الدنيا وغد، فجزاه جنات النعيم وطيب عيش في رغد، وقف صحيح مؤرخ بأجر وخير لا يُرد).
