كان هذا الجامع في الأصل كنيسة تُعرف باسم كنيسة مار جرجس. عام 1661م، حولها علي باشا إلى مسجد باسم الخضر. ويقع الجامع في منطقة الكرنتينا قرب كنيسة مار مخايل. ويرتبط بناء هذه الكنيسة جاورجيوس (مار جرجس) بالحادثة القائلة بإنقاذ إبنة حاكم بيروت الروماني من مخالب التنين على يد القديس جرجس وقد بنيت الكنيسة بإسمه تخليداً لذكراه. وقد قُتل مار جرجس لإعتناقه الدين المسيحي في عهد دقلديانوس الإمبراطور الروماني في 23 نيسان سنة 303م.
يعيّد له النصارى ويكرمه المسلمون الذين يطلقون عليه إسم الخضر. وقد وصف الرحالة النابلسي مقام الخضر بقوله: (... فلاحت لنا، ونحن سائرون، قبة عظيمة يقال لها مقام الخضر عليه السلام. فوصلنا إليها فرأيناها من أحسن الأماكن والمقام، وهي عالية منيرة، وبجانبها منارة صغيرة، وأمامها بئر عليه قبة صغيرة أيضاً...).
