تقع جيبوتي بين الصومال والحبشة وأريتريا. طول ساحلها 370 كلم. تقوم في وسط خليج تدجورا الذي يتلاقى مع خليج عدن الواقع إلى الشرق منه.
جيبوتي بلد صحراوي صغير منبسط بأكثره باستثناء جبل غودا الذي تصل أعلى قممه إلى 1783 متراً. وهناك مناطق بركانية في الشمال والغرب. وتنتشر الحدود البحرية المرجانية قرب مرفأ العاصمة جيبوتي وفي أرخبيل "الأخوة السبعة" على مدخل البحر الأحمر. وهذه الحدود البحرية ضحلت رغم وجود المرجان حتى أعماق تصل إلى 35 متراً.
تقوم غابات كثيفة على الجانب الشرقي لجبلي غودا ومابلا على علو لا يتعدى 1500 متر.
أما الأخطار التي تواجهها البيئة في مناطق بحيرتي آبي وآسال وبركان آردوكويا فقليلة. إنما المؤسف أن غابة دوداي الواقعة في جبل غودا تفقد باستمرار أشجارها بما يطالها من قطع على يد الإنسان والتحولات المناخية، بالإضافة إلى الهجمة العمرانية الزاحفة نحو الجبل.
هناك الآن ثلاث محميات: محمية غابة دوداي الطبيعية التي تكاد تغطي 0.05 بالمائة من أرض البلاد، ومحمية جزر موشا المرجانية، وجزر مصقالي الجنوبية. وهناك حالياً دراسات ومشاريع لاستصلاح السهل الساحلي ووقف تصحره.